割包皮的原因有三，第一就是醫學上需要割包皮，第二就是相對上需要割包皮，第三就是非醫學方面的割包皮。

有些病人，例如患有包皮炎，特別是慢性、閉塞性、乾燥性的包皮炎，這些發炎會令到包皮的出口變窄或封實，引致不能小便，這些情況就不可不割包皮。

另外，如果小朋友出生時已有腎積水或泌尿系統等其他問題，如輸尿管阻塞、膀胱輸尿管返流，造成小朋友的反覆尿道感染，這種情況下把包皮割掉，會有很大的幫助。尿道感染通常由細菌引起，而細菌來自於包皮和龜頭之間有的空隙，割了包皮後龜頭暴露出來變得乾燥，尿道感染的機會可低10-12倍。這類情況下，醫生就會建議一定要割掉包皮。

如果一個小朋友的包皮反覆感染及發炎，割包皮後發炎的機率會減少50%。

而年紀較大的小朋友，包皮不夠鬆，翻了上去卡著陰莖。就如橡根箍實陰莖，令陰莖因血液不流通而變腫拉不下來。反覆發生這情況叫做包皮嵌頓（Paraphimosis），這情況下需要割包皮。

以年紀再大一點的小朋友來說，割包皮後可減少包皮下細菌及病毒繁殖的機會，可減少性病，譬如HIV。

但並不是說割包皮可避免性病，最有效的預防措施仍是戴安全套。

還有一種情況就是小朋友排尿時，包皮出口較狹窄，而尿流較高，相對之下的不對稱，包皮會腫脹，這種現象稱為包皮鼓脹 （Ballooning）。割包皮可避免這情況，但是 Ballooning 對身體或腎臟會否造成破壞，現時仍是證據不足。

而最後一項常見的，但跟醫療無關的割包皮原因。就是宗教的傳統。回教、舊基督教及猶太教認為割包皮是他們對身份認同的文化證明。如猶太教的孩子，出生後8天要割包皮，而從猶太教伸延出的基督教和回教都延續這個傳統，亦有繼承伊斯蘭文化的國家，有割包皮的傳統。以前是宗教人士做包皮手術， 現今的社會則有專業小兒外科醫生來完成這手術。當他人因人民的宗教和文化背景，有割包皮的意願，也是值的尊重的。

每種割包皮的手術都大同小異，基本上在消毒後將包皮和龜頭分開。將包皮割去，有滲血情況下要止血，然後把包皮縫合，再放上敷料。

做包皮手術最理想的時機要看情況：

1/ 如果出生前B超發現有腎積水，尿路感染等疾病，孩子出生後則應盡快進行手術。

2/ 如果確定孩子有醫學上的割包皮需要 - 如包皮炎、腎積水、泌尿系統問題等，則應盡快進行手術。

3/ 如果是因宗教需要而做，則跟據宗教的教條年齡。

4/ 如果孩子健康，沒有任何疾病，則應該觀察。

家長在換尿片時和給孩子洗澡時，孩子排尿時可以觀察以下的現象，有沒有包皮炎，有沒有排尿時包皮腫脹。男孩一般 14 歲左右步入青春期，爸爸可以跟男孩交流割包皮知識，提醒他們自行觀察。孩子在 16 歲時龜頭仍未暴露出來，這些孩子則應考慮做包皮環切手術。