南瓜籽富含鎂，可防三高，能夠刺激胰島素分泌，並抑制血糖上升。除此之外，鎂也參與調控心臟的收縮與節律，可幫助血管放鬆，並降低血壓。哈佛大學所進行的一項大型觀察性研究，針對85,060 名健康女性和42,872 名健康男性進行了長達12年的隨訪調查，並發現高鎂飲食能使男性患第2 型糖尿病的風險降低33%，以及使女性患第2型糖尿病的風險降低34%。

女性在更年期後骨質流失得快，容易導致骨質疏鬆、骨折，或是駝背、身高變矮。而南瓜籽中含有木酚素，它是一種植物性雌激素，能夠幫助調節女性荷爾蒙，預防骨質疏鬆症。

攝護腺肥大是中年男性的常見問題，男性若缺鋅，可能造成攝護腺腫脹，而南瓜籽富含鋅，可以預防攝護腺肥大壓迫到尿道，造成尿頻、排尿困難或尿不乾淨的問題。

男性每日的鋅建議攝取量為15 毫克，而每 100 克的去殼南瓜籽，即含有 9 毫克的鋅，除了能夠抑制攝護腺肥大，食用南瓜籽（鋅）亦可增進精子的數量與質量，改善不孕症或陽痿等生殖問題，並預防攝護腺癌。

南瓜籽中含有豐富的色氨酸，色氨酸能夠幫助身體製造血清素，血清素是「快樂荷爾蒙」之一，能夠幫助大腦放鬆、好入睡；血清素同時也是製造褪黑激素的原料，因此在晚上吃少量的南瓜籽，可以幫助睡眠。

除了色氨酸以外，南瓜籽也富含鎂、鋅兩種礦物質，鎂是天然的情緒鎮靜劑，能幫助放鬆情緒、神經與肌肉，缺乏鎂會讓人容易焦慮、神經質，也會影響睡眠，造成淺眠、難以入睡等睡眠問題；鋅則能幫助把色氨酸轉化為血清素，同樣是可以幫助睡眠的礦物質。

南瓜籽富含多元不飽和脂肪酸「亞油酸」，亞油酸能夠降低血液中的壞膽固醇，但是食用過多則會連好膽固醇也跟著減少，並使壞膽固醇增加，因此每日適量攝取就好，約兩湯匙左右的南瓜籽為佳。